צמחי מרפא בד”כ משפיעים לאט יותר מאשר תרופות קונבנציונליות. לחלק מהצמחים השפעה מצטברת והם עובדים בצורה איטית לאורך זמן עד החזרת הגוף לאיזון, ואחרים ניתנים לטיפול קצר טווח בבעיה אקוטית.
קשה לדבר באופן כללי על התועלת של שימוש בצמחי מרפא כיוון שהמחקרים, כאמור, אינם מספקים עדיין מידע מספיק מדויק . יש להתייחס לכל צמח באופן ספציפי ולבדוק את התועלת מול הסיכונים. באופן כללי ניתן לאמר, שהצמחים היו והנם עדיין מקור אינסופי לריפוי מחלות שהרפואה הקונבנציונלית עדיין לא מצאה להם פתרון.
הפוטנציאל הגלום בצמחים הוא רב ויש למצוא את הדרך להביא פוטנציאל זה לידי מימוש ע”י מחקר נכון ומבוקר ובדרך שלא תגרום נזק. להרבה צמחים יש התוויות נגד לשימוש כאשר ברקע קיימים מצבים רפואיים נוספים. לא כל הצמחים בטוחים לשימוש בתינוקות ובילדים, בנשים בהריון ובנשים מיניקות.
יש צמחים שבמינונים גבוהים הם רעילים ואין מספיק מחקר לגבי רעילות כרונית העלולה להיות תוצאה של שימוש ממושך. לכן, דיאגנוזה עצמית היא מסוכנת ויש להיוועץ במומחים לפני שימוש בצמחי מרפא.
שמנים העשויים מצמחי מרפא הנם מאד מרוכזים ואסורים לשימוש פנימי. בשימוש חיצוני יש למהול אותם בשמן נשא שאינו רעיל על מנת למנוע דלקת בעור.