ערכם הרפואי של הצמחים ידוע מאז ימי קדם והנו הבסיס לפרמקולוגיה המודרנית. חלק מהתרופות המשמשות ברפואה הקונבנציונלית כיום מבוססות על החומרים הפעילים המצויים בצמחים. מהתרופות הקיימות כיום, מעל 120 מוצו במקור מצמחים. למשל: אספירין מסאליקס אלבה, דיגוקסין מדיגיטליס פורפוראה, קינין מקליפת עץ הצ’ינצ’ונה, מורפין מפאפוויר סומניפרום.
עפ”י סקר שנעשה בארה”ב ושנועד לתעד ולהשוות מגמות בשימוש ברפואה אלטרנטיבית בין 1990 ל 1997, נמצא כי השימוש בלפחות 1 מתוך 16 שיטות טיפול אלטרנטיביות גדל מ 33.8% ב 1990 ל 42.1% ב 1997. השיטות הפופולריות ביותר כללו את רפואת צמחי המרפא וההומאופטיה. העלייה הגוברת במכירת צמחי מרפא לצרכים רפואיים בארה”ב ובעולם כולו מצביעה על המודעות וההתעניינות ההולכת וגוברת בבריאות ובטיפול עצמי טבעי.
גורמים נוספים היכולים להסביר עלייה זו הנם חוסר האמון ברפואה הקונבנציונלית, האמונה ש”טבעי הוא בריא יותר”, השפעות תרבותיות, פרסום והנגישות לתוספי המזון הצמחיים – בבתי טבע ניתן לרכוש תוספי המזון מסוגים שונים ובצורות שונות, מצמחים יבשים ועד קפסולות, ומספר בתי המרקחת הטבעיים (המוכרים אך ורק תרופות מחומרים טבעיים) גם הוא הולך וגדל. אולם, נושא הריפוי הטבעי, הרפואה האלטרנטיבית, ובתוכה רפואת צמחי המרפא, הנו נושא שנוי במחלוקת. המחלוקת נובעת מכך שלא ניתן להתעלם מן הרעילות הקיימת בחומרים הפעילים המיוצרים בצמח עליהם מסתמכת רפואת צמחי המרפא.
הצמחים מייצרים חומרים המשפעים על בעלי חיים על מנת להגן על עצמם מפני אכילה. מטרת החומרים היא לפגוע בטורפים פוטנציאליים ומכאן שהם רעילים, אולם בכמויות קטנות או ע”י תהליך כימי מתאים, לאותן מולקולות יכולות להיות השפעות מרפאות. ישנם כ 300,000 זנים של צמחים אך רק כ 5000 נחקרו בהקשר לתועלתם הרפואית.
מצדדי הרפואה הקונבנציונלית טוענים כי אין מספיק מחקר מדעי התומך ומאשר שימוש בצמחי מרפא כתרופות, בניגוד לפרמקולוגיה המודרנית, בה השימוש בתרופות מבוקר ונמצא בפיקוח של גורמים מורשים. תרופות משווקות רק לאחר שעברו סדרת בדיקות מקיפה ומדוקדקת, שמבטיחה את יעילותן ובטיחותן ומגלה את תופעות הלוואי הכרוכות בשימוש בהן.
תעשיית צמחי המרפא, לעומת זאת, אינה מבוקרת. רפואת צמחי המרפא נמצאת בראשית דרכה ואין עדיין מספיק מחקרים טובים המוכיחים את יעילות השימוש בצמחי המרפא והמגלים את תופעות הלוואי הכרוכות בשימוש. תומכי הרפואה האלטרנטיבית טוענים כי יש ערך לשימוש בצמח על כל מרכיביו הפועלים בסינרגיזם מושלם, לעומת השימוש הרפואי המודרני, שם הם משמשים כמקור ובסיס להפקת החומר הפעיל לצורך ייצור תרופות.
בבסיס רעיון הסינרגיזם מונחת הטענה, כי השילוב של שני מרכיבים או יותר הפועלים יחד אחראי לאפקט המיטיב של הצמח. ניסיונות של מדענים לבודד מרכיב פעיל בודד מצמחים המשמשים ברפואת הצמחים המסורתית, מסתיימים בד”כ בכישלון. כישלונות אלו יכולים לתמוך בתפיסה של הסינרגיזם.
כמו כן, הסטוריה של אלפי שנים מוכיחה את יעילותם, במצבים מסוימים, של צמחי המרפא, אשר פעם היו האמצעי העיקרי לטיפול בחולים. יש לזכור, כי כמו כל תוצר פרמקולוגי, חומר ממקור צמחי עלול לגרום לתופעות מזיקות. הנזק יכול להיות ישיר כמו תגובות אלרגיות או רעילות, או עקיף, כאשר תרופה צמחית שפוטנציאל הריפוי שלה אינו מוכח מחקרית מעכבת או מונעת טיפול קונבנציונלי בעל פוטנציאל ריפוי בדוק קלינית.
ישנם גורמים רבים אותם יש להביא בחשבון טרם השימוש בצמחים ולכן, צרכנים פרטיים, רופאים ומטפלים, חייבים להיות מודעים למינונים הנכונים, לתופעות הלוואי, לרעילות וליחסי הגומלין בין צמחי מרפא לתרופות קונבנציונליות. לאור הנאמר לעיל, ישנה חשיבות רבה להפעלת שיקול דעת בכל הקשור לשימוש בצמחי מרפא.
בנוסף לכך, חשוב מאד שגם רופאים יהיו בקיאים בנושא זה, מאחר והם עשויים להיתקל במטופלים המשתמשים בצמחי מרפא. עליהם להיות מודעים לרעילות וליחסי הגומלין שבין צמחי מרפא לתרופות. עפ”י מחקר שנעשה בקליפורניה אשר מטרתו הייתה להעריך את הידע של רופאים מתחום הרפואה הפנימית ורפואת החירום בנושא זה, נמצא כי לרופאים שנבדקו היה ניסיון וידע מועטים בנושא של רעילות צמחי מרפא ויחסי גומלין בין צמחי מרפא לתרופות.
המחקר של צמחי המרפא אינו מפותח דיו בעיקר מסיבות כלכליות: חברות המייצרות תרופות הן המניע ומקור הכספים העיקרי למחקר. לא ניתן כיום לרשום צמחי מרפא כפטנט ולכן לחברה המייצרת לא תהיה בלעדיות על המכירות, גם לאחר שתשקיע כסף רב במחקר ושיווק. באין חברות התרופות משקיעות כספים במחקר הצמחים ובאין משקיעים אחרים, תחום זה נזנח לעומת המחקר הנעשה בתחום התרופות הקונבנציונליות.